第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。
演员：萨姆·沃辛顿 佐伊·索尔达娜 西格妮·韦弗 史蒂芬·朗 奥娜·卓别林 凯特·温斯莱特 克利夫·柯蒂斯 乔·大卫·摩尔 希·庞德 埃迪·法可 大卫·休里斯 杰梅奈·克莱门特 吉奥瓦尼·瑞比西 布里顿·达尔顿 杰米·福雷特斯 崔妮蒂·乔·李·布里斯 杰克·尚皮永 布伦丹·考威尔 贝利·巴斯 菲利普·盖廖 杜恩·埃文斯
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演员：萨姆·沃辛顿 佐伊·索尔达娜 西格妮·韦弗 史蒂芬·朗 奥娜·卓别林 大卫·休里斯 凯特·温斯莱特 贝利·巴斯 吉奥瓦尼·瑞比西 杰梅奈·克莱门特 杰米·福雷特斯 埃迪·法可 克利夫·柯蒂斯 乔·大卫·摩尔 杰克·尚皮永 马特·杰拉德 科斯顿·约翰 菲利普·盖廖 布里坦·道尔顿 特里尼蒂·布利斯 小杜安·埃文斯
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演员：伊娃·朗格利亚 艾斯·库珀 奥利维娅·德劳伦蒂斯 迈克尔·奥尼尔 乔纳森·丹尼尔·布朗 伊曼·本森 马特·科博伊 伊戈·米基塔斯 Nicole Pulliam Henry Hunter Hall Jake Reiner Harvey B. Jackson Sydney Heller
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