第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。
演员：丹尼尔·雷德克里夫 艾玛·沃森 鲁伯特·格林特 海伦娜·伯翰·卡特 拉尔夫·费因斯 艾伦·瑞克曼 玛吉·史密斯 汤姆·费尔顿 邦妮·怀特 朱丽·沃特斯 迈克尔·刚本 伊文娜·林奇 多姆纳尔·格里森 克蕾曼丝·波西 詹森·艾萨克 海伦·麦克洛瑞 马修·刘易斯 梁佩诗 约翰·赫特 大卫·休里斯 加里·奥德曼 吉姆·布劳德本特 艾玛·汤普森 娜塔丽·特纳 蒂莫西·斯波 大卫·布拉德利 罗彼·考特拉尼 凯莉·麦克唐纳 塞伦·希德
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