继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：彼特·丁拉基 尼古拉·科斯特-瓦尔道 琳娜·海蒂 艾米莉亚·克拉克 基特·哈灵顿 查尔斯·丹斯 娜塔莉·多默尔 杰克·格里森 苏菲·特纳 麦茜·威廉姆斯 约翰·布莱德利 伊萨克·亨普斯特德-怀特 露丝·莱斯利 克里斯托弗·海维尤 罗伊·麦克凯恩 格温多兰·克里斯蒂 伊恩·格雷 阿尔菲·艾伦 克里斯蒂安·奈恩 米希尔·赫伊斯曼 艾丹·吉伦 杰罗姆·弗林 西贝尔·凯基莉 朱利安·格洛弗 伊恩·麦克尔希尼 卡里斯·范·侯登
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演员：约翰·塞纳 丹妮尔·布鲁克斯 弗雷迪·史卓玛 楚克武迪·武吉 詹尼佛·霍兰德 史蒂夫·阿吉 罗伯特·帕特里克 杰森·莫玛 埃兹拉·米勒 维奥拉·戴维斯 安妮·张 洛奇林·莫罗 迪·布拉雷·贝克尔 伊丽莎白·勒德洛 罗谢尔·格林伍德 扎克·圣蒂亚戈 凯文·欧格雷迪 内尔·韦伯 恩胡特·勒 克里斯托弗·海尔达尔 梅尔·塔克 里兹万·曼吉 艾丽森·阿拉亚 柯丝特·穆德利 蓝尼·雅各布森 安东尼奥·库普 娜塔莉·萨福兰 塞奇·布洛克班克 伊丽莎白·麦卡蒂 张彤华
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