TV2003重制版，是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本，画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集，03版共26话，一共30集。这个版本中21与22，23与24，25与26，27与28都是相同的内容。只不过21，23，25，27和原来一样，而22，24，26，28中增添了一些新的东西。突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
演员：竹内顺子 杉山纪彰 中村千绘 井上和彦 关俊彦 松本和香子 大塚芳忠 胜生真沙子 柴田秀胜 森久保祥太郎 伊藤健太郎 柚木凉香 小杉十郎太 增川洋一 远近孝一 田村由香里 江原正士 水树奈奈 鸟海浩辅 川田绅司 落合露美 大谷育江 重松朋 下屋则子 飞田展男 石冢运升 浅野真由美 石田彰 加濑康之 朴璐美 中田让治 保志总一朗 神奈延年 三木真一郎 中村大树 家中宏 福田信昭 楠大典 本田贵子 平田广明 津田健次郎 坪井智浩 河野智之 根本圭子 铃木琢磨 小林由美子 津田英三 伊藤和晃 浅井清己 佐佐木望
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演员：矢岛晶子 小林由美子 楢桥美纪 藤原启治 森川智之 兴梠里美 真柴摩利 林玉绪 一龙斋贞友 佐藤智惠 高田由美 七绪春日 富泽美智惠 三石琴乃 纳谷六朗 森田顺平
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