晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。 为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
演员：梶原岳人 岛崎信长 诹访部顺一 优木加奈 福山润 室元气 村瀬步 日野聪 水树奈奈 安野希世乃 松田健一郎 森川智之 小野大辅 西明日香 寺岛拓笃 鸟海浩辅 小西克幸 小林优 浪川大辅
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演员：潘惠美 伊濑茉莉也 泽城美雪 藤原启治 浪川大辅 宫野真守 内田直哉 山口胜平 日高法子 荒川美穗 朴璐美 大塚明夫 大桥贤一郎 前田玲奈 木内秀信 山寺宏一 松风雅也 能登麻美子 堀内贤雄 岩男润子 永井一郎 银河万丈 平野绫 岸尾大辅 关俊彦 寺崎裕香 植田佳奈 横山智佐 池田秀一 内山昂辉 藤村步 立木文彦 羽多野涉 楠大典 三木真一郎 高木涉 井上喜久子 飞田展男 远藤绫 内田真礼 高桥广树 大谷育江 二又一成
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演员：高山南 山崎和佳奈 神谷明 小山力也 林原惠美 山口胜平 田中秀幸 岛本须美 绪方贤一 堀川亮 松井菜樱子 宫村优子 岩居由希子 大谷育江 高木涉 高岛雅罗 堀之纪 立木文彦 小山茉美 三石琴乃 置鲇龙太郎 日高法子 池田秀一 古谷彻
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